W 1915 trzy miesiące spędził w carskim więzieniu za opublikowanie broszury pt. Nacijonalnyj i tierritorialnyj priznak w awtonomii (Национальный и терpиториальный признак в автономии). W roku akademickim 1918/19 był profesorem językoznawstwa porównawczego i indoeuropejskiego na powstającym właśnie Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, wykładając m.in. sanskryt i Hymny Rygwedy. Od 1918 był profesorem językoznawstwa na Uniwersytecie Warszawskim. Był członkiem Akademii Umiejętności w Krakowie.
Poglądy Według Normana Daviesa Baudouin de Courtenay był jednym z najbardziej nietuzinkowych polskich myślicieli na przełomie XIX i XX wieku. Davies pisze: Był pacyfistą, zwolennikiem walki o ochronę środowiska, feministą, bojownikiem o postęp w dziedzinie edukacji i wolnomyślicielem, występował także przeciwko większości konwencji społecznych i umysłowych, jakie panowały w jego czasach. Był ateistą. Nie uważał się za członka Kościoła katolickiego przez większość życia, w 1927 złożył formalny wniosek o apostazję.
Baudouin de Courtenay opowiadał się za wprowadzeniem do wszystkich szkół żydowskich na terenie II Rzeczypospolitej nauki polskiego, a do wszystkich szkół polskich – nauki jidysz.