7 lutego 2009 wystąpił po raz 200. w Interze w meczu przeciwko Lecce. 15 lutego strzelił bramkę w derbowym starciu z Milanem. Przegrany 0:2 rewanżowy mecz Ligi Mistrzów z Manchesterem United był jego 63 w tych rozgrywkach co stanowiło rekordowe osiągnięcie serbskiego piłkarza. W sezonie 2008/09 Stanković prezentował się chimerycznie, w okresie od grudnia do lutego grał dobrze, a w pozostałym okresie był niewidoczny. 29 sierpnia 2009 r. w spotkaniu derbowym z Milanem strzelił ślicznego gola z 30 m. 17 października 2009 r. w meczu z Genoa CFC (5:0) zdobył piękną bramkę z połowy boiska. Stanković miał też znaczący wkład w potrójną koronę (liga, puchar, Liga Mistrzów) w sezonie 2009/10. W Champions League strzelił gole w meczach z: Rubinem Kazań (29 września; 1:1) i Dynamem Kijów (20 listopada; 2:2). 28 listopada 2010 r. strzelił hat tricka w wygranym 5:2 meczu z Parmą. Współpraca z Rafą Benitezem nie układała się mu, więc po jego zwolnieniu bardzo się uradował. 5 kwietnia 2011 strzelił niezapomnianą bramkę z FC Schalke 04 oddając strzał ze środka boiska. Po zakończeniu sezonu 2011/12 ogłosił na Twitterze, że opuści Inter w sierpniuhttp://m.onet.pl/sport/pilka-nozna,5te1n do czego jednak nie doszło.