Sezon 2012/13 rozpoczął się dla niego dopiero w lutym z powodu kontuzji (zerwanie ścięgna Achillesa)http://eurosport.onet.pl/pilka-nozna/liga-wloska/dejan-stankovic-przejdzie-kolejna-operacje,1,5251575,wiadomosc.html., której doznał w okresie przygotowawczym. Jego kontrakt z Interem miał obowiązywać do czerwca 2014 r., a na jego podstawie otrzymywał 3 mln euro rocznej pensji. 6 lipca 2013 r. poinformował o zakończeniu trwania umowy.
Kariera reprezentacyjna Stanković zadebiutował w reprezentacji Jugosławii 22 kwietnia 1998 w meczu z Koreą Płd. strzelając dwa gole. Wziął udział w Mistrzostwach Świata w 1998 r. i Mistrzostwach Europy w 2000.
W 2006 roku zastąpił Savo Miloševicia w roli kapitana nowo utworzonej reprezentacji Serbii. Mimo że Serbia jako pierwsza zakwalifikowała się na Mundial 2006, to udział Serbów zakończył się po fazie grupowej.
Na MŚ 2010 reprezentacja Serbii po raz pierwszy w historii wystąpiła w międzynarodowym turnieju jako niepodległe państwo (bez Czarnogóry). Po niespodziewanym zwycięstwie z Niemcami (0:1), polegli w meczach z Ghaną (0:1) i Australią (2:1) kończąc udział w MŚ na 4. miejscu w grupie.