Na początku swej obecności w Mediolanie nie występował często, tym bardziej że utrudniały mu to kontuzje. 2 października zdobył gola i asystował w meczu LM z Valencią. 7 maja 2006 rozegrał setny mecz w barwach Interu. Sezon 2006/07 był bardzo udany dla Dekiego, który strzelił kilka ważnych goli (z Milanem, dwa z Catanią 15 października, a z Fiorentiną także asystę), a La Gazzetta dello Sport wybrała go pięciokrotnie na piłkarza meczu. 2 lutego 2007 r. przedłużył do 2010 r. kontrakt z Interem.
Po przyjściu do klubu José Mourinho w 2008 prasa spekulowała, że Dejan opuści klub razem z Adriano, Crespo, Suazo i Burdisso. Ostatecznie jednak dzięki m.in. kibicom pozostał w klubie (zabiegał o niego Juventus) i mógł cieszyć się z 17 w historii klubu Scudetto. 18 października 2008 r. zdobył bramkę w meczu z AS Roma na Stadio Olimpico. 14 listopada 2008 zdobył bramkę i zaliczył dwie asysty w spotkaniu z Chievo Werona. 28 stycznia miał decydujący wpływ na wynik meczu z Catanią (2:0), w którym zdobył gola i asystował przy drugim.