Rodziło to możliwość wewnętrznej fragmentacji, gdzie nie byłby w stanie znaleźć wystarczającej ilości kolejnych sektorów do przechowywania skompresowanego klastra nawet gdyby było dużo dostępnej przestrzeni.
Do innych możliwych przyczyn utraty danych zaliczane było również uszkodzenie obszarów pamięci przez inne programy; obszary pamięci zajmowane przez nie były chronione, ponieważ MS-DOS pracował w trybie rzeczywistym. Microsoft próbował rozwiązać ten problem w dla MS-DOS 6.2 (poprzez funkcję , która sprawdzałaby pod kątem takiego uszkodzenia).
Fakt przechowywania skompresowanej zawartości skompresowanego dysku w postaci jednego pliku implikował możliwość przypadkowego skasowania wszystkich danych przez użytkownika poprzez zwykłe usunięcie tego pliku. Do takiej sytuacji mogłoby dojść, gdyby użytkownik nieumyślnie uzyskał dostęp do tzw. dysku hosta zawierającego tylko ten plik. Sterownik kompresji przeważnie mapował dysk hosta pod literą H:. Jednakże, gdyby sterownik nie mógł zostać załadowany użytkownik zobaczyłby dysk hosta jako C:.