Kompatybilność Niektóre z programów komputerowych, zwłaszcza gry, nie były kompatybilne z ponieważ skutecznie pomijały sterownik . również pobierał znaczną część pamięci konwencjonalnej co utrudniało uruchamianie programów potrzebujących dużo pamięci.
Błędy i utrata danych Krótko po wydaniu pojawiły się pierwsze doniesienia o utracie danych. Firma twierdziła, że odkryła błąd prowadzący do uszkodzenia danych. Błąd ten występował przy zapisie plików na mocno pofragmentowanych dyskach i został zademonstrowany przez program . Przedsiębiorstwo sprzedawało program , który służył do weryfikowania stanu fragmentacji, mogącego prowadzić do opisanego błędu. Zdaniem Microsoftu błąd ten mógł wystąpić jedynie w nieprawdopodobnych przypadkach, jednak problem ten został naprawiony w MS-DOS 6.2.
Stan fragmentacji był powiązany z tym, w jaki sposób kompresuje pojedyncze klastry (o wielkości np. 8 K) i dopasowuje je na dysku, zajmując mniej sektorów (o wielkości 512 bajtów) niż wymagana liczba (w tym przykładzie 16 sektorów).