W Boże Narodzenie, pomimo nałożonej anatemy, odprawił mszę, na której udzielał Eucharystii. Na początku 1498 roku po kolejny raz wygłosił kazanie, w którym zaatakował Rzym, przez co papież zagroził nałożeniem na miasto interdyktu. Savonarola wysłał listy do władców Francji, Anglii, Hiszpanii, Węgier, Polski i Niemiec, w których twierdził, że Aleksander VI jest niegodnym papieżem.
9 marca 1498 roku papież wystosował brewe, w którym zarzuca Signorii florenckiej ochronę Savonaroli, obiecując jednocześnie sojusz. Dziewięć dni później rządzący zakazali Girolamo głoszenia kazań. 25 marca franciszkanin Francesco di Puglia wezwał dominikanina do przebycia „próby ognia” (rodzaj sądu Bożego), na którą zgodził się najbliższy współpracownik Savonaroli – Domenico Buonvicini. Wydarzenie miało się odbyć 7 kwietnia, jednak przeciąganie negocjacji oraz ulewny deszcz spowodowały, że się nie odbyło. W wyniku tego, poparcie społeczne dla Girolamo znacznie zmalało. Następnego dnia mieszkańcy miasta szturmowali klasztor św. Marka, jednak dominikanin został wcześniej aresztowany przez władze miasta. Papież wyraził zgodę, by Savonarola był sądzony we Florencji, a także zniósł trzy podatki nałożone na miasto.