Ponieważ, pomimo obalenia Medyceuszy, Florencją nadal zarządzały wpływowe rody, Savonarola zradykalizował swoje kazania, głosząc że każdy kto sprzeciwia się rządowi powinien być karany grzywną. W tym czasie toczyły się wojny włoskie, w których porażkę poniósł Karol VIII i musiał wracać do Francji. Savonarola był zawiedziony takim obrotem spraw i wysłał do Walezjusza list, w którym podkreślił, że leży mu na sercu przede wszystkim dobro króla, aniżeli Florentczyków. Spowodowało to znaczny wzrost przeciwników Girolamo. 17 czerwca 1495 roku dominikanin spotkał się z królem i nakłonił go do kontynuowania walki, lecz 6 lipca w bitwie pod Fornovo armia francuska została pokonana przez wojska Ligi Świętej i zmuszona do odwrotu.
Po odejściu Francji, mieszkańcy Florencji obawiali się powrotu Medyceuszy. Silną pozycję nadal miał Savonarola, jednak był atakowany przez papieża oraz franciszkanów. W jednym z kazań stwierdził, że nie będzie posłuszny papieżowi, nawet gdyby nałożył na miasto interdykt. 21 lipca 1495 roku Aleksander VI wysłał do niego list z prośbą o stawienie się w Rzymie, jednak dominikanin odmówił, usprawiedliwiając się chorobą. Przesłał także papieżowi swoją książkę „Kompendium cudów” (). 8 września papież wysłał list do franciszkanów z klasztoru św. Krzyża, którzy byli przeciwnikami Savonaroli.