Rok później, gdy Wawrzyniec był na łożu śmierci poprosił, aby Girolamo go wyspowiadał. Dominikanin zgodził się, jeśli Medyceusz przywróci Florentczykom prawa. Ponieważ władca nie wyraził na to zgody, Savonarola nie przybył. Następnie skupił się na reformie konwentu św. Marka, który (za zgodą papieża) oderwał od prowincji lombardzkiej i nakazał braciom ściśle przestrzegać reguły zakonnej. Został także wybrany wikariuszem generalnym nowej kongregacji.
W sierpniu 1494 roku do Italii wkroczył król Francji Karol VIII Walezjusz, w celu odebrania Królestwa Neapolu Alfonsowi II. Piotr II Medyceusz zadecydował o wpuszczeniu wojsk francuskich do Florencji, co spotkało się z oburzeniem społeczeństwa. Signoria postanowiła wysłać do Karola VIII posłów, m.in. Savonarolę. 13 listopada doszło do spotkania z królem, którego Girolamo witał jako reformatora. Podczas pobytu Walezjusza, Signoria podjęła decyzję o wygnaniu Medyceuszy z miasta. Po opuszczeniu miasta przez Francuzów, dominikanin został poproszony przez Florentczyków o radę w sprawie odbudowy kraju. Pomimo że był zwolennikiem teokracji, zaproponował ustrój na wzór Republiki Weneckiej. Spotkało się to z aprobatą, ale spowodowało także zamieszki.