W mieście było także wielu kołodziejów, którzy zajmowali się produkcją sanek i niecek. Pod koniec XVI wieku dzięki targom odbywającym się koło ratusza miasto należało do stosunkowo zasobnych.
W 1549 w mieście osiedlili się bracia czescy, ich potomkowie zamieszkiwali Nidzicę do 1945.
W latach 1562–1572 kaznodzieją w Nidzicy był Jan Radomski, autor Confessio Augustana to iest Wyznanie Wiary niektórych Xiążąt y Miast Niemieckich [.] Przełożona y Drukowana [.] ku pożytku kościołów J.X.M. Polskych i innych dzieł protestanckich.
W 1579 powstała w Nidzicy pierwsza na Mazurach publiczna szkoła dla dziewcząt.
Wojny szwedzkie przerwały w XVII wieku pomyślną koniunkturę gospodarczą miasta. Przemarsze wojsk w 1628 roku spowodowały pierwsze zniszczenia i szkody. Po bitwie pod Prostkami w 1656 roku pojawili się Tatarzy. Miasto zamknęło przed nimi bramy, więc ci spalili jedynie przedmieścia.
Władztwo pruskie W wyniku traktatów welawsko-bydgoskich z 1657 Polska została zmuszona do zrzeczenia się zwierzchnictwa nad regionem i odtąd miasto stanowiło część państwa prusko-brandenburskiego, przekształconego w 1701 w Królestwo Prus.