W dniu 30 marca 1664 roku średniowieczne miasto spłonęło w wielkim pożarze. W 1701 roku w Nidzicy urodził się Jan Duchna, który został później polskim kaznodzieją przy kościele św. Anny w Gdańsku i lektorem języka polskiego w tamtejszym Gimnazjum Akademickim. W 1710 roku w mieście pojawiła się dżuma i do stycznia 1711 roku uśmierciła około 200 mieszkańców. W 1723 roku określono Nidzicę „miastem drugiej klasy”, co oznaczało, że był to okres regresu gospodarczego. W 1737 roku zamieszkał w mieście i mieszkał w nim do śmierci Jerzy Wasiański, autor najpopularniejszego na Mazurach kancjonału, wznawianego do XX wieku w wielotysiecznych nakładach. Miasto w 1738 roku miało 1142 mieszkańców. W 1741 roku miasto miało 163 domy mieszkalne, w tym 67 murowane w rynku. W 1751 roku było w nim 1867 mieszkańców. W 1752 roku Nidzica została stolicą okręgu. W l. 1758-60 miasto znajdowało się pod okupacją rosyjską. Pod koniec XVIII wieku zasypano fosy miejskie i rozebrano mury obronne z basztami. mały|Kościół św. Wojciecha na starym rysunku W Nidzicy 5 sierpnia 1804 roku na bocznej uliczce wybuchł pożar, wielu mieszkańców miasta udało się na jarmark do Złotowa, przez co spaliło się w zachodniej pierzei dwadzieścia dziewięć domów wraz z zabudowaniami gospodarskimi.