Roszczenia mistrza krzyżackiego Albrechta von Hohenzollerna podważające II pokój toruński i jego przymierze z Moskwą sprawiło, że doszło do wojny polsko-krzyżackiej, w wyniku czego w dniu 24 lutego 1520 roku w Nidzicy ponownie pojawiły się wojska polskie. Spaliły one młyn przy zamku, i wyrządziły sporo szkody mieszczanom. Pięcioletnia wojna skończyła się hołdem pruskim na rynku krakowskim i przekształceniem państwa zakonnego w państwo świeckie, pozostające pod zwierzchnictwem polskim. Jednocześnie książę Albrecht von Hohenzollern, przyjąwszy luteranizm, narzucił swą wiarę wszystkim poddanym. W Nidzicy oba kościoły przejęli luteranie, na zamku zaś miejsce Krzyżaków zajął starosta książęcy, którym był Piotr Kobierzycki. Neidenburg nadal pozostawał urzędową nazwą miasta, ale wskutek nasilającego się osadnictwa mazurskiego w południowych Prusach w codziennym użyciu coraz częściej pojawiały się także polskie formy takie jak Nidbork, Niedzbork i Nibork.
Duże dochody przynosiły mieszkańcom Nidzicy gorzelnie i browary.