Piotr Bernardone złożył zatem skargę w sądzie biskupim, na którego posiedzenie Franciszek przybył. Biskup Gwidon nakazał Franciszkowi oddanie ojcu wszystkich pieniędzy, na co ten drugi przystał. Ponadto zdjął także swoje szaty i, stojąc nago, oznajmił, że wyrzeka się bycia synem Bernardonego i odtąd jedynym ojcem dla niego będzie Bóg. Następnie obaj rozeszli się, a Franciszek wkrótce potem wyruszył w podróż, podczas której został napadnięty, dotkliwie pobity i odarty z szat. Rannemu udało się dotrzeć do klasztoru San Verecondo w Vallingengo. Po otrzymaniu pomocy udał się do Gubbio, gdzie posługiwał wśród trędowatych. Według legendy miał tam zawrzeć umowę z wilkiem, który przestał atakować mieszkańców.
Franciszek podjął wówczas decyzję, że nie chce przyjmować święceń kapłańskich ani wstępować do klasztoru. Pozostając w stanie świeckim, przyodział się w strój eremity: zgrzebną tunikę, rzemienny pasek i sandały. Jego celem była odbudowa kościoła św. Damiana i w tym celu zbierał jałmużnę, za którą kupował niezbędne materiały.