Według tradycji podczas jednej z modlitw miał usłyszeć głos dobiegający z krucyfiksu: „Franciszku, czyż nie widzisz, że ten dom mój chyli się ku upadkowi? Idź więc i napraw mi go!”. Postanowił wówczas odbudować kościół, który był zrujnowany. Poprosił także miejscowego księdza, by zawsze paliła się tam lampa oliwna.
W celu odbudowy kościoła Franciszek wrócił do domu, wziął cenne tkaniny i wywiózł do Foligno, gdzie je sprzedał. Uzyskane pieniądze przekazał na renowację, wręczając je księdzu, który jednak nie chciał ich przyjąć, obawiając się gniewu Piotra Bernardonego. Wkrótce potem ojciec Franciszka zaczął poszukiwać syna, a kiedy po miesiącu udało mu się go znaleźć, zabrał go do domu. Przez kilka dni Piotr usiłował przekonać syna, by powrócił do pracy i przestał prowadzić ubogie życie. Nie przyniosło to efektu, a Franciszek z pomocą matki Piki uciekł z domu i powrócił do kościoła San Damiano. Gdy ojciec Franciszka się o tym dowiedział, postanowił wytoczyć synowi proces przed radą miejską (która łączyła władzę ustawodawczą i sądowniczą). Miał zamiar pozbawić go posagu po Pice, podejrzewając syna o niepoczytalność. Gdy goniec przybył z wezwaniem do Franciszka, ten oznajmił, że jako pokutnik jest osobą duchowną i podlega jurysdykcji kościelnej.