Analizy sekwencji genów mitochondrialnego cytochromu b oraz hybrydyzacji DNA-DNA wskazują na bliskie pokrewieństwo gatunków w rodzaju Ciconia.
Zapis kopalny Skamieniałości rodzaju Ciconia reprezentujące dystalny koniec prawej kości ramiennej zostały odkryte w osadach mioceńskich na wyspie Rusinga na Jeziorze Wiktorii w Kenii. Skamieniałości datowane na 24–6 mln lat mogą pochodzić zarówno od bociana białego, jak i od bociana czarnego (Ciconia nigra), które są tej samej wielkości i mają bardzo podobną strukturę kości. Osady ze środkowego miocenu z wyspy Maboko (położonej również na Jeziorze Wiktorii) przyniosły odkrycia kolejnych szczątków.
Etymologia nazwy Zarówno nazwa rodzajowa, jak i epitet gatunkowy ciconia są łacińskim tłumaczeniem słowa „bocian”, oryginalnie odnotowanym w pracach Horacego i Owidiusza. Łacińska nazwa przetrwała w większości języków romańskich (Cicogna, Cigüena, Cegonha i tym podobne).
Polska nazwa „bocian”, występująca niegdyś w wielu odmianach, np. boćko, ma przypuszczalnie wspólne korzenie w języku staropolskim i językach nadodrzańskich (łuż.: baćon, bośon;