Fauna podziemna obejmuje chrząszcze, pajęczaki, zaleszczotki, skorupiaki i inne organizmy przystosowane do stałej ciemności oraz ograniczonej dostępności pokarmu. W wodach podziemnych występuje także odmieniec jaskiniowy oraz endemiczne gatunki widłonogów i obunogów.
Ochrona
Obiekt wpisano na listę światowego dziedzictwa UNESCO w 1986 roku podczas 10. sesji Komitetu Światowego Dziedzictwa. Uznano, że jaskinie mają wyjątkową wartość ze względu na monumentalny podziemny kanion, rozmiary komór oraz znaczenie dla badań nad procesami krasowymi.
Kryterium VII odnosi się do wyjątkowych walorów krajobrazowych i monumentalnej skali podziemnego kanionu, natomiast kryterium VIII do wartości geologicznej i geomorfologicznej systemu jako przykładu rozwoju krasu oraz oddziaływania podziemnej rzeki na skały wapienne.
W 1996 roku utworzono Park Regionalny Jaskinie Szkocjańskie, obejmujący jaskinie, zapadliska, wąwóz Reki oraz miejscowości Škocjan, Betanja i Matavun. Zarządzanie powierzono publicznemu zakładowi Park Škocjanske jame.