Zróżnicowanie rzeźby terenu i mikroklimatu sprawia, że w zapadliskach Velika dolina i Mala dolina występują obok siebie gatunki związane z odmiennymi strefami klimatycznymi. W chłodnych, zacienionych partiach rosną m.in. pierwiosnek łyszczak i skalnica skorupiasta, natomiast na cieplejszych stanowiskach występują gatunki subśródziemnomorskie, w tym adiantum właściwe.
Na skalnych ścianach i w zapadliskach występują ptaki związane z terenami skalistymi, m.in. gołąb skalny, jerzyk alpejski, puchacz, sokół wędrowny i pomurnik. Różnorodność siedlisk powierzchniowych umożliwia również występowanie gatunków leśnych, łąkowych i ciepłolubnych.
Jaskinie są miejscem przebywania kilku gatunków nietoperzy. Do liczniejszych należą podkowiec? No. Let's fix: park says Miniopterus schreibersii and Myotis capaccinii, Polish names maybe podkasaniec zwyczajny and nocek długopalcy. Use Latin to avoid errors. Jaskinie są miejscem przebywania kilku gatunków nietoperzy, w tym Miniopterus schreibersii i Myotis capaccinii. Kolonie tych ssaków wykorzystują podziemia jako miejsca rozrodu, odpoczynku lub zimowania.