6 kwietnia 2004 Sejm przeprowadził ostatnie czynności w ramach procedury impeachmentu. W mowie końcowej Rolandas Paksas ponownie nie przyznał się do winy. Twierdził, że sprawa stanowi spisek elit i jest wynikiem politycznych manipulacji polityków, dla których był niewygodny. Sejm w tym samym dniu uznał zasadność każdego z trzech zarzutów wskazanych przez Sąd Konstytucyjny (za każdym z nich głosowało od 86 do 89 deputowanych), usuwając w konsekwencji prezydenta z zajmowanego urzędu. Obowiązki głowy państwa przejął przewodniczący parlamentu Artūras Paulauskas. Rolandas Paksas zarejestrował się jako kandydat w przedterminowych wyborach prezydenckich. Został jednak skreślony po znowelizowaniu przez Sejm (w maju 2004) ordynacji wyborczej, w wyniku której wprowadzono pięcioletni zakaz kandydowania dla osób usuniętych z urzędu prezydenta. Europejski Trybunał Praw Człowieka w orzeczeniu przeciwko Litwie ze skargi byłego prezydenta uznał, że pomimo znaczącego naruszenia litewskiej konstytucji stały i orzeczony bez możliwości odwołania zakaz kandydowania w wyborach krajowych stanowi zbyt surową sankcję.
Działalność po odwołaniu W 2004 Rolandas Paksas powrócił na stanowisko przewodniczącego liberalnych demokratów, zastępując Valentinasa Mazuronisa.