30 grudnia 2003 Sąd Konstytucyjny po rozpoznaniu wniosku Sejmu orzekł, że dekret Rolandasa Paksasa o nadaniu w trybie szczególnym obywatelstwa rosyjskiemu przedsiębiorcy, Jurijowi Borysowowi (będącemu jednym z głównych sponsorów prezydenckiej kampanii wyborczej mera Wilna) wydano z naruszeniem konstytucji i ustawy o obywatelstwie.

W lutym 2004 komitet śledczy sformułował sześć zarzutów wobec Rolandasa Paksasa. W marcu tego samego roku Sąd Konstytucyjny wydał opinię, w której uznał, że to Sejm rozstrzyga, czy działania prezydenta sprzeczne z prawem są wystarczające dla usunięcia go z urzędu. Ponadto za niezgodne z ustawą zasadniczą uznał trzy czyny prezydenta: 1) wskazane wyżej nadanie obywatelstwa w trybie nadzwyczajnym, 2) świadome ujawnienie Jurijowi Borysowowi informacji o toczącym się w jego sprawie śledztwie w tym o podsłuchiwaniu jego rozmów telefonicznych, 3) działanie na korzyść bliskich sobie osób w procesie prywatyzacyjnym (sprawa spółki akcyjnej „Žemaitijos keliai”). Sąd Konstytucyjny nie podzielił zasadności pozostałych zarzutów (m.in. dotyczących dyskredytowania autorytetu innych organów państwowych).