W 2005 przeciwko byłemu prezydentowi został wytoczony proces karny. W postępowaniu uznano jego winę co do stawianych zarzutów przy odstąpieniu od wymierzenia kary. 13 grudnia 2005 Sąd Najwyższy Republiki Litewskiej uchylił wyrok, uniewinniając Rolandasa Paksasa od sprawstwa przestępstw polegających na ujawnieniu tajemnicy państwowej, utrzymując go w części stwierdzającej winę w sprawie bezprawnego nadania obywatelstwa. Orzeczenie to zakończyło postępowanie w tej sprawie.
W 2006 doprowadził do zmiany nazwy LDP na Porządek i Sprawiedliwość. W wyborach samorządowych z 25 lutego 2007 ugrupowanie to uzyskało najwięcej mandatów w wileńskiej radzie miasta kadencji 2007–2011, z których jeden przypadł Rolandasowi Paksasowi.
Były prezydent wystartował jako lider listy Porządku i Sprawiedliwości w wyborach europejskich w 2009. Po uzyskaniu mandatu w Parlamencie Europejskim przystąpił do nowo powołanej grupy pod nazwą Europa Wolności i Demokracji. Został też członkiem Komisji Petycji oraz Komisji Gospodarczej i Monetarnej. W 2014 z powodzeniem ubiegał się o reelekcję do Europarlamentu, uzyskując mandat deputowanego do PE VIII kadencji.