miejsce).
LLS zawarł koalicję z Nowym Związkiem Artūrasa Paulauskasa. 26 października 2000 Rolandas Paksas po raz drugi został premierem. Tym razem jego gabinet przetrwał osiem miesięcy. Odszedł z tego stanowiska 20 czerwca 2001 po tym, jak Nowy Związek wycofał swoich ministrów z rządu.
Zrezygnował następnie z członkostwa w Związku Liberałów, a w 2002 wraz ze swoimi zwolennikami założył Partię Liberalno-Demokratyczną, stając na czele tego ugrupowania.
Prezydentura (2003–2004) Rolandas Paksas wystartował w wyborach prezydenckich przeprowadzonych 22 grudnia 2002 i 5 stycznia 2003. W pierwszej turze otrzymał 19,66% głosów, zajmując drugie miejsce. Dwa tygodnie później pokonał ubiegającego się o reelekcję Valdasa Adamkusa, otrzymując poparcie 54,71% głosujących. Urzędowanie rozpoczął 26 lutego 2003.
30 października tego samego roku służby specjalne przedłożyły Sejmowi dokumenty, mające obciążać bliskich współpracowników prezydenta (w tym jego doradcę Remigijusa Ačasa) o związki z rosyjską mafią. Kilka dni później parlament powołał tymczasową komisję śledczą (z socjaldemokratą Aloyzasem Sakalasem na czele), a następnie specjalny komitet śledczy (kierowany przez sędziego Sądu Najwyższego) z udziałem posłów, przedstawicieli sądownictwa i prokuratury.