Zasugerowane powyżej podgatunki nigdy nie były powszechnie używane albo potwierdzone przez biologów, opisane morfologiczne różnice były na tyle niewielkie, że mogły spowodować proste zmiany nie-reprezentatywnych próbek. Genetyczne analizy sprawdziły istnienie trzech z przedstawionych wyżej domniemanych podgatunków. Badania mitochondrialnego mtDNA skóry z biopsji tych zwierząt, miały za zadanie sprawdzenie genetycznego zróżnicowania i struktury w populacjach afrykańskich hipopotamów. Wykazały one na niewielkie, ale znaczące różnice pomiędzy populacjami H. a. amphibius, H. a. capensis i H. a. kiboko. Nie przebadano przedstawicieli H. a. constrictus anii H. a. tschadensis.
Samiec hipopotama nazywany jest bykiem, samica krową a młode cielakiem. Alternatywne nazwy hipopotama to hipopotam pospolity lub hipopotam nilowy.
Klasyfikacja thumb|Czaszka hipopotama, widoczne duże kły używane do walk Hipopotamowate sklasyfikowane są wraz z innymi rodzinami w rzędzie parzystokopytnych (Artiodactyla), do którego zaliczane są m.in.: wielbłądy, bydło, jeleniowate i świnie. Mimo to hipopotamy nie są ściśle spokrewnione z tymi zwierzętami.