Z kolei, inni taksonomowie grupują hipopotamy w rodzinie Anthracotheriidae albo nadrodzinie Anthracotheroidea lub Hippopotamoidea.
Pięć podgatunków zostało opisanych na podstawie różnic morfologicznych w budowie czaszki oraz rozmieszczenia geograficznego: H. a. amphibius – podgatunek nominalny, którego zasięg występowania rozciągał się od Egiptu – gdzie wyginął, został zepchnięty z doliny Nilu – do Tanzanii i Mozambiku. H. a. kiboko – Róg Afryki, Kenia i Somalia. Kiboko w języku suahili znaczy hipopotam. Miał szersze nozdrza i bardziej wklęsły obszar międzyoczodołowy. H. a. capensis – od Zambii do RPA. Ma najbardziej spłaszczoną czaszkę ze wszystkich podgatunków. H. a. tschadensis – Zachodnia Afryka, Czad jak wskazuje nazwa łacińska. Nieco krótszy i szerszy pysk, z widocznymi oczodołami. H. a. constrictus – Angola, południowa Demokratyczna Republika Konga i Namibia. Nazwany ze względu na przedoczodołowe przewężenie.