Znaczenie ochronne rezerwatu polega nie tylko na liczbie gatunków, lecz także na powiązaniu ekosystemów morskich z lądowymi. Ptaki morskie, pingwiny, kormorany, albatrosy, legwany morskie i lwy morskie rozmnażają się lub odpoczywają na lądzie, ale ich przetrwanie zależy od dostępności pokarmu i jakości siedlisk w morzu.
Użytkowanie i zarządzanie Rezerwat jest zarządzany przez administrację Parku Narodowego Galapagos w ramach szczególnego systemu ochrony archipelagu. W praktyce łączy funkcje ochrony przyrody, kontroli rybołówstwa, badań naukowych, turystyki przyrodniczej oraz nadzoru nad ruchem jednostek pływających. Administracja parku prowadzi działania kontrolne i patrole na obszarze rezerwatu, również we współpracy z marynarką wojenną Ekwadoru.
Jednym z najtrudniejszych elementów zarządzania jest pogodzenie ochrony różnorodności biologicznej z lokalnym rybołówstwem i turystyką. Analizy dotyczące zarządzania przestrzennego w rezerwacie wskazują, że ochrona zasobów morskich wymaga współpracy administracji, naukowców, sektora rybackiego i użytkowników turystycznych, a także jasnego rozróżniania stref i zasad eksploatacji.