Zmienność tych dopływów powoduje duże zróżnicowanie warunków, produkcji biologicznej i składu zespołów gatunków.
W obrębie rezerwatu występują strome ściany podwodne, skaliste dna, plaże, zatoki, namorzyny, płycizny, niewielkie rafy koralowe i podmorskie góry. Różnorodność siedlisk sprawia, że obszar jest ważny zarówno dla organizmów osiadłych i przybrzeżnych, jak i dla dużych gatunków pelagicznych przemieszczających się między wyspami oraz dalej, ku innym obszarom wschodniego Pacyfiku.
Bioróżnorodność Administracja parku podaje, że w ekosystemie rezerwatu odnotowano ponad 2900 gatunków morskich, z czego około 25% organizmów morskich ma charakter endemiczny. Występują tam 24 gatunki ssaków morskich, w tym wieloryby, delfiny i lwy morskie, a część gatunków charakterystycznych dla Galapagos zależy od morza mimo lądowego lub przybrzeżnego trybu życia.
Do najbardziej rozpoznawalnych gatunków związanych z rezerwatem należą pingwin równikowy, kormoran nielotny, albatros galapagoski, głuptak niebieskonogi i legwan morski. W wodach rezerwatu spotyka się także żółwie morskie, głowomłoty tropikalne, rekiny wielorybie, mantowate i inne duże zwierzęta pelagiczne.