Rezerwat jest także ważnym obszarem turystyki przyrodniczej, zwłaszcza nurkowania i obserwacji życia morskiego. Popularność takich aktywności zwiększa znaczenie kontroli liczby odwiedzających, tras, miejsc kotwiczenia i zasad zachowania w pobliżu zwierząt, aby dochody z turystyki nie prowadziły do degradacji tych samych siedlisk, które są podstawą atrakcyjności Galapagos.
Zagrożenia i problemy ochrony Do głównych zagrożeń dla rezerwatu należą nielegalne połowy, przełowienie wybranych zasobów, presja na gatunki o wysokiej wartości handlowej, zanieczyszczenia, rosnąca skala ruchu turystycznego i transportowego oraz zmiany środowiskowe związane z wahaniami oceanograficznymi, w tym zjawiskami El Niño.
Szczególnym problemem są połowy rekinów. Badanie opublikowane w Marine Policy wskazywało, że mimo zakazów na obszarze rezerwatu dochodziło do nielegalnego pozyskiwania rekinów, co wiąże się między innymi z popytem na płetwy rekinów i trudnościami kontroli dużego obszaru morskiego. Międzynarodowy rozgłos zyskało zatrzymanie w 2017 roku statku „Fu Yuan Yu Leng 999”, na którym znaleziono tysiące ciał rekinów;