Obecny rezerwat ustanowiono w 1998 roku na mocy ustawy o szczególnym reżimie ochrony i zrównoważonego rozwoju Galapagos (LOREG). Rozszerzenie ochrony objęło wszystkie wody wewnętrzne oraz pas do 40 mil morskich od linii bazowej archipelagu. Włączenie rezerwatu do wpisu UNESCO w 2001 roku podkreśliło, że wyjątkowa wartość przyrodnicza Galapagos zależy nie tylko od lądowych wysp, ale także od środowiska morskiego, z którego korzystają liczne gatunki lądowe i przybrzeżne.
W kolejnych latach ochrona morska była rozszerzana przez współpracę regionalną we wschodnim tropikalnym Pacyfiku. Szczególne znaczenie miało utworzenie rezerwatu Hermandad, zapowiedziane podczas COP26 i sformalizowane w 2022 roku, ponieważ połączyło ochronę Galapagos z szerszym korytarzem migracyjnym używanym przez żółwie morskie, manty, wieloryby i rekiny.
Warunki oceanograficzne i siedliska Bogactwo przyrodnicze rezerwatu wynika między innymi z położenia archipelagu na styku kilku układów prądów morskich. Zimne, bogate w składniki odżywcze wody Prądu Peruwiańskiego docierają w rejon wysp z południowego wschodu, z zachodu oddziałuje wynoszący głębsze wody Prąd Cromwella, a z północnego wschodu pojawiają się cieplejsze wody tropikalne.