W 1440 miejscowość odnotowano jako wieś królewską. W tym roku król polki Władysław III Warneńczyk zapisał Łukaszowi z Górki podczaszemu poznańskiemu oraz staroście kościańskiemu 1000 grzywien na mieście Kościan oraz wsiach Kurza Góra, Bonikowo, Nacław, Sierakowo i Czarnkowo. W 1504 wieś leżała w dobrach królewskich Bonikowo w tenucie kościańskiej.
Wieś odnotowano w historycznych rejestrach poborowych. W 1530 pobrano podatki z 14 łanów osiadłych oraz z karczmy. W 1563 pobór miał miejsce z 23 łanów, 0,5 kwarty, karczmy (druga karczma była opuszczona) oraz 5 komorników. W latach 1564–1565 w Bonikowie odnotowano 23 ślady osiadłe, z których płacono czynsz po 2 floreny 21 denarów. Z kolejnych 20 śladów płacono natomiast po jednej ćwiertni owsa oraz z 6 półśladów po 3 wiertele, jednej ćwiertni chmielu, po 4 kapłony oraz 30 jaj, owsa „leśnego” na św. Marcina oddawano 22 ćwiertnie. Chłopi mieli pracować wtedy, kiedy im kazano. We wsi było 5 zagrodników, którzy płacili czynsz po 9 groszy 9 denarów. Odnotowano także dwie karczmy. W 1580 miał miejsce pobór z 17 łanów oraz 3 komorników.