Wieś królewska starostwa kościańskiego, pod koniec XVI wieku leżała w powiecie kościańskim województwa poznańskiego w Rzeczypospolitej Obojga NarodówAtlas historyczny Polski. Wielkopolska w drugiej połowie XVI wieku. Część II. Komentarz. Indeksy, Warszawa 2017, s. 243..
W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793, miejscowość przeszła w posiadanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815–1848) miejscowość wzmiankowana jako Bonikowo należała do wsi większych w ówczesnym powiecie kościańskim rejencji poznańskiej. Bonikowo należało do okręgu kościańskiego tego powiatu i stanowiło siedzibę majątku Bonikowo, który należał wówczas do Anzelma Chłapowskiego.
Pod koniec XIX wieku dominium składające się z Bonikowa, Starej Kurzej Góry, Gurostwa i folwarku Tamborowo należało do Stefana Chłapowskiego.
W latach 1954–1959 wieś należała i była siedzibą władz gromady Bonikowo, po jej zniesieniu w gromadzie Kiełczewo. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa leszczyńskiego.