Druga część dowodzona przez da Gamę dopłynęła do Azorów, gdzie na wyspie Terceira zmarł jego brat – Paulo. Ostatecznie statki pod jego dowództwem dopłynęły do Lizbony w sierpniu 1499 roku.
W Marcu 1500 r. wyruszyła ekspedycja Pedra Alvareza Cabrala w celu ustanowienia portugalskiego dominium w Indiach. Postępując zgodnie z instrukcjami Vasca da Gamy, Cabral stopniowo oddalał się od wybrzeża Afryki, aby uniknąć ciszy morskiej. 22 kwietnia 1500 Cabral dostrzegł nieznany ląd, który nazwano Ziemią Prawdziwego Krzyża (). Próbowano nieskutecznie porozumieć się z tubylcami, a następnie flota zakotwiczyła się w zatoce Porto Seguro. Cabral wysłał statek dowodzony przez Gaspara de Lemos, by poinformował Manuela o nowym odkryciu, następnie wyruszył z Brazylii do Indii, gdzie dotarł w sierpniu 1500. W grudniu wyruszył do Koczinu, gdzie następnie założył faktorię handlową, a w styczniu dotarł do Kannuru. Ostatecznie powrócił do Portugalii w czerwcu lub lipcu 1501 roku.
W 1500 roku wyruszyła ekspedycja licząca 2 statki pod dowództwem Gaspara Corte-Reala, w celu znalezienia drogi do Indii przez biegun polarny. W tym samym roku dotarł do Nowej Fundlandii. W 1501 roku podczas wyprawy powrotnej do Portugalii żeglarz zaginął, a jego brat – Miguel Corte-Real – w 1502 roku podjął nieudaną próbę jego znalezienia.