Natomiast proces nawracania portugalskich muzułmanów znacznie różnił się od nawracania Żydów. Dzieci rodzin muzułmańskich nie zostały przymusowo ochrzczone, ponieważ obawiano się odwetów ze strony państw z Afryki Północnej, a sami muzułmanie w przeciągu kilku pokoleń całkowicie zasymilowali się z kulturą portugalską.
Pogrom w Lizbonie Za panowania Manuela doszło do pogromu w Lizbonie w Wielkanoc 1506 roku, którego ofiarą padli nowi chrześcijanie. Reakcja władcy na to wydarzenie była gwałtowna, najbardziej fanatyczni mnisi zostali pozbawieni stanowisk i spaleni, majątki przywódców pogromu zostały odebrane, a sami przywódcy powieszeni. Król zlikwidował również (), który rządził gminą. Po tych wydarzeniach król podejmował próby przyspieszenia integracji nowych chrześcijan do społeczeństwa. Zniesiono m.in. ograniczenia podróżowania, czy sprzedaży majątku oraz zezwolił nowym chrześcijanom ubieganie się o urzędy w zakonach religijnych, czy w zakonach wojskowych. Z drugiej strony zakazano ksiąg hebrajskich (z wyjątkiem ksiąg medycznych) oraz zabroniono praktykowanie żydowskich zwyczajów religijnych, czy edukacji żydowskiej.