31 października 1497 roku Manuel rozkazał wygnanie wszystkich Żydów i muzułmanów z państwa. Decyzję króla poparło duchowieństwo oraz rady miejskie, natomiast część szlachty obawiała się wzmocnienia wrogów Portugalii z Afryki Północnej. Następnie władca nakazał odebranie rodzinom żydowskim dzieci poniżej 14 roku życia i ich przymusowe ochrzczenie. Duchowni doradcy oraz kościół poparli decyzję króla. W obronie Żydów stanęły rodziny katolickie, które pomagały rodzinom żydowskim ukrywać swoje dzieci. Władca, obawiając się początku kryzysu gospodarczego w państwie, utrudniał Żydom emigrację. Nie udostępnił wydalonym rodzinom statków oraz zamknął dwa z trzech portów, zmuszając tym samym Żydów do przybycia do Lizbony. Zaproponował, że pozorne przyjęcie wiary katolickiej podczas chrztu pozwoli im zachować rodziny i majątki. Co więcej, obiecał dwudziestoletni okres ochronny, w którym nikt nie będzie kontrolował autentyczności ich wiary. Większość rodzin zaakceptowało te warunki i zostawało tak zwanymi (), którzy praktykowali judaizm w ukryciu. Bardziej konserwatywne rodziny decydowały się na wygnanie z Portugalii, lub popełniały samobójstwa. Mimo tego władca zabronił nowym chrześcijanom podróżowania za granicę oraz zakazał sprzedawanie majątków bez specjalnej zgody.