Nie doczekał jednak jej końca, gdyż zmarł 27 lipca 1597 roku w Krakowie.

Twórczość Wydał 2 większe dzieła pisarskie: Postyllę katoliczną (Postylla catholica, to iest Kazania na każdą niedzielę i na każde święto przez cały rok, 1573), Postyllę mniejszą, a także „Żywoty”, „Pasję” i inne liczne publikacje.

W roku 1584 władze zakonu jezuitów zleciły mu przełożenie Pisma Świętego. Podstawą przekładu był łaciński przekład przypisywany św. Hieronimowi – tzw. Wulgata, usankcjonowana dekretem Soboru Trydenckiego jako oficjalny tekst Kościoła rzymskokatolickiego w 1546 roku.

Wujek wykorzystał Wulgatę lowańską (Antwerpia 1574), Poliglotę antwerpską (1569–1572), Novum Instrumentum omne, wydanie Teodora Bezy, być może tekst Roberta Estienny, przekład syryjski oraz rękopisy łacińskie. Pierwszeństwo dawał tekstowi łacińskiemu, który uważał za bardziej pewny.