W roku 1593 ukazał się przekład Nowego Testamentu, wydany z poprawkami i psalmami w 1594 roku. Pełny przekład został ukończony w roku 1595, ponieważ jednak oparty był na Wulgacie lowańskiej, jezuici zobowiązani byli dokonać rewizji przekładu celem dostosowania go do brzmienia Wulgaty klementyńskiej. Praca komisji rewizyjnej zajęła kilka lat i cały oficjalny przekład Biblii ukazał się dopiero dwa lata po śmierci Jakuba Wujka, w roku 1599. Wprowadzone przez komisję rewizyjną przekładu Wujka zmiany i poprawki były liczne i poważne, jednak mimo to przekład ten przeszedł do historii jako przekład Wujka.
Biblia Wujka zawiera objaśnienia rzeczowe oraz dogmatyczno-apologetyczne. Zawiera także odniesienia do tekstu oryginalnego, co ma duże znaczenie przy zwrotach błędnie podanych w tekście źródłowym przekładu – Wulgacie klementyńskiej.