W międzyczasie pracy nad Pismem Świętym, Wujek wydał także postyllę „Apologia”, która była odpowiedzią na argumenty Grzegorza z Żarnowca. Tymczasem Grodzicki kontynuował zarzuty wobec Wujka o brak dokładności przekładu biblijnego i składał skargi u prowincjała a także w kurii generalnej w Rzymie. Prowincjał nie uwierzył w zarzuty, jednak generał zakonu nakazał wstrzymanie druku Starego Testamentu. Kolejna komisja zebrała się podczas kongregacji prowincji w 1593 roku w Pułtusku. Zaraz potem Wujek, Grodzicki i Masselli udali się do Rzymu, gdzie każdy miał zaprezentować swój punkt widzenia przed najwyższą władzą kościelną. Po powrocie do Krakowa Wujek kontynuował druk Nowego Testamentu i Psałterza.
W 1594 roku wyjechał do Poznania, gdzie kontynuował przekład Starego Testamentu. 16 maja 1595 roku sejm walny powołał nową misję w Siedmiogrodzie i mianował Wujka na wiceprowincjała. Jezuita kontynuował pracę nad Biblią w Siedmiogrodzie i ukończył ją latem 1596 roku. Rok później powrócił do Krakowa, gdzie oczekiwał na wynik pracy cenzorów.