Po powrocie do Polski, jego zadaniem był przekład Biblii na język polski. Dotychczasowe tłumaczenie (Biblia Leopolity) z 1561 roku, oceniano jako niewystarczające i zawierające błędy i nieścisłości. W tym celu udał się do Rzymu, by omówić sprawę z generałem zakonu Claudio Acquavivą. W 1586 roku został wiceprowincjałem prowincji polskiej, toteż miał mało czasu na pracę nad tłumaczeniem. Ponieważ epidemia doprowadziła do śmierci wielu zakonników w Siedmiogrodzie, ponownie wysłano tam Wujka i powierzono mu funkcję wiceprowincjała. W 1589 roku tamtejsza prowincja została zlikwidowana, dlatego Wujek opuścił Siedmiogród. Wówczas wrócił do Polski i osiadł w Krakowie, gdzie poświęcił więcej czasu na pisanie. W 1591 roku pierwszy przekład Nowego Testamentu był już gotowy, jednak z powodu donosu dotyczącego rzekomego niedopełnienia warunków generała zakonu, praca została wstrzymana. Nowy prowincjał Ludwik Masselli zwołał specjalną naradę, na której zaaprobowano pracę Wujka. Kolejne posiedzenie komisji badającej dzieła polskiego jezuity, zostało odwołane z powodu epidemii, w wyniku której zmarła część cenzorów. Nowy skład komisji zebrał się dopiero wiosną 1592 i ponownie zaakceptował tłumaczenie. Głównym krytykiem Wujka był profesor teologii z Wilna, Stanisław Grodzicki, który najprawdopodobniej zazdrościł Jakubowi talentu pisarskiego.