Zajął się organizacją środków na utrzymanie pracowników, budową kolegium, pracą duszpasterską i literacką. Jednym z jego dzieł powstałych w Poznaniu jest , skierowane przeciwko Franciszkowi Stankarowi.
20 maja 1578 roku opuścił Poznań i udał się do Wilna, gdzie został rektorem tamtejszego kolegium. Miało to odciążyć go w obowiązkach, gdyż sprawami administracyjnymi miał zająć się Piotr Fabrycy Kowalski. Wujkowi przypisuje się rozwój szkoły, dzięki któremu Stefan Batory podniósł ją do rangi Akademii, jednak nie ma na to dowodów. Rok później król prosił władze zakonu, by pozwoliły wysłać Wujka do Siedmiogrodu. Jakub zrezygnował ze stanowiska rektora i wyjechał tworzyć misję w Koloszwarze, by szerzyć działalność kontrreformacyjną. Pomimo trudów pracy duszpasterskiej i niechętnej miejscowej ludności, wydał trzynaście prac, w tym „Czyściec” oraz „Dialysis”. Z misji w 1584 roku odwołał go prowincjał Jan Paweł Campano.