Wkrótce potem rozpoczął posługę kapłańską, a także został mianowany wicerektorem Kolegium jezuitów w Pułtusku. Rozwijająca się epidemia spowodowała tymczasowe zamknięcie Kolegium, a Wujek wyjechał do rodzinnego Wągrowca, gdzie jeszcze podupadł na zdrowiu. W 1570 roku udał się do Warszawy, gdzie miał wygłosić rekolekcje dla dworu, jednak tam ponownie ciężko zachorował. 22 grudnia dzięki staraniom prowincjała Wawrzyńca Maggio, odbył egzamin i uzyskał stopień naukowy doktora teologii.
W 1570 roku Wujek wydał swoją pierwszą pracę: „Iudiciumalbo rozsądek niektórych Katholików o Confessiey Sędomierskiey”, która została skierowana przeciwko innowiercom. W tym samym roku ukazało się tłumaczenie małego katechizmu Piotra Kanizego „Maluczki katechyzm Kościoła powszechnego abo nauka krześciajańskiej pobożności”. Dwa lata później przełożył także katechizm Jakuba Ledesmy: „Nauka chrześcijańska albo Katechizmik dla dziatek”. Większość dzieł wydawał anonimowo. Sunyer chciał aby Wujek kontynuował pracę pisarską i wydał postylle katolickie, gdyż jedyne dostępne były wówczas protestanckie postylle Reja. Pracę nad nią rozpoczął w 1571 roku, jednak musiał ją przerwać, gdyż prowincjał przeniósł go do Poznania. Udał się tam wraz z Szymonem Wysockim i dwoma innymi jezuitami, gdzie mieli założyć nowe Kolegium jezuitów.