Od II poł. XVII wieku Akademia stopniowo traciła na znaczeniu, a ponowny jej rozkwit nastąpił w czasach stanisławowskich, kiedy to podjęto próbę reformy nauczania uniwersyteckiego w duchu oświecenia. Uniwersytety miały stać się wyższymi szkołami zawodowymiPrawo rzymskie, słownik encyklopedyczny pod redakcją Witolda Wołodkiewicza, Warszawa 1986, s. 226..
Szkoła Główna Litewska
Po kasacie zakonu jezuitów w 1773 roku Akademia została w 1781 roku przejęta i zreformowana na uczelnię świecką przez pierwsze polskie ministerstwo oświaty publicznej – Komisję Edukacji Narodowej. Otrzymała wówczas nazwę Szkoły Głównej Litewskiej (analogicznie Akademia Krakowska została Szkołą Główną Koronną); podporządkowano jej szkoły wojewódzkie. Jednym z elementów reformy było rozpoczęcie wykładania po polsku i litewsku na niektórych wydziałach (literatury i historii Polski i Litwy, nauk przyrodniczych i matematycznych). W okresie tym uczelnia nadal posiadała, oficjalnie tradycyjną, łacińską nazwę „Academia et Universitas Vilnensis” – z której usunięto tylko słowa „Societatis Jesu”. Reforma doprowadziła do rozkwitu uczelni. Nawiązała ona ściślejsze kontakty z nauką europejską zwłaszcza na polu nauk ścisłych. Posiadała m.in. najlepszy w Rzeczypospolitej wydział medycznyUniwersytet Wileński 1579-2004, s.