Do najbardziej znanych uczonych związanych z okresem jezuickim uczelni należą m.in. Maciej Kazimierz Sarbiewski SI – światowej sławy polski neołaciński poeta, Wojciech Wijuk Kojałowicz teolog, autor pierwszej „Historii Litwy”, Marcin Śmiglecki – autor popularnego w Europie podręcznika logiki, wykorzystywanego m.in. na uniwersytecie w Oksfordzie. Absolwentami Akademii byli m.in. Jan Karol Chodkiewicz – jeden z najwybitniejszych wojskowych początku XVII wieku, oraz Stefan Łuskina – polski jezuita, po kasacji zakonu właściciel i wydawca pierwszego regularnego dziennika w Polsce – Gazety Warszawskiej. Akademia Wileńska stała się ważnym ośrodkiem kontrreformacji w Wielkim Księstwie Litewskim. Jej wykładowcami byli m.in. Piotr Skarga i Jakub Wujek – pierwsi rektorzy Akademii, Marcin Laterna, Mikołaj Łęczycki, Franciszek Bohomolec, Adam Tadeusz Naruszewicz, Marcin Poczobutt-Odlanicki. W XVIII wieku dzięki polskim jezuitom na uczelni tej opracowano zasady gramatyki i ortografii jęz. litewskiego i rozpoczęto wydawanie pierwszych książek po litewsku. W 1753 roku Tomasz Żebrowski stworzył i zorganizował obserwatorium astronomiczne i utworzył przy nim wydziały fizyki i astronomii. Po nim dzieło jego kontynuował Marcin Poczobutt-Odlanicki. W 1781 założono uczelniany ogród botaniczny.