Nadbudówka Pierwotnie planowano dla „Shōkaku” nadbudówkę podobną do tych znajdujących się na „Hiryū” i „Akagi”, a więc umieszczoną na bakburcie okrętu. Okazało się jednak, że taki układ konstrukcyjny powoduje wiele kłopotów na jakie skarżyli się piloci przy podchodzeniu do lądowania. Konstruktorzy okrętu zdecydowali się przeprowadzić szereg testów w tunelach aerodynamicznych Instytutu Badawczego w Kisumigaura. Wyniki tych wszechstronnych badań potwierdziły powstawanie silnych zawirowań powietrza na ścieżce podejścia, co pociągnęło za sobą przeprojektowanie nadbudówki i przeniesienie jej na sterburtę okrętu przed wyloty kominów głównych. Wewnątrz umieszczono cztery pokłady – idąc od poziomu pokładu startowego były to: pokład I z kwaterą kapitańską, pokojem operacyjnym oraz składem map. pokład II zawierający sterówkę, pomieszczenie nawigacyjne wraz z pokojem nawigatora i pomieszczenie radiokabiny. pokład III mieszczący mostek kapitański, pomieszczenie pilotów dyżurnych, pomieszczenie nawigacyjne z tablicami kursowymi i pomieszczenia operacyjne.