Hangary Na lotniskowcach typu Shōkaku znajdowały się dwa pokłady hangarowe, każdy podzielony na trzy hangary zdolne pomieścić łącznie 84 samoloty. Bezpośrednio pod nimi znajdowały się magazyny uzbrojenia lotniczego, skąd za pośrednictwem podnośników dostarczano bomby, torpedy oraz amunicję. Na pokładach hangarowych, a także na pokładzie głównym przy nadbudówce zainstalowane były dystrybutory paliwa lotniczego dostarczanego z najniżej położonej części okrętu. Uzbrajanie i obsługa samolotów zarówno przed startem jak i po wylądowaniu odbywała się w hangarach.
Transport samolotów pomiędzy pokładem startowym a hangarami odbywał się za pomocą trzech ramp. Wszystkie pokłady hangarowe były wentylowane – system wentylacyjny stworzony pierwotnie dla „Shōkaku” był w stanie wymienić powietrze w ciągu 10 minut. Po bitwie pod Midway podczas której stracono główne lotniskowce Cesarskiej Marynarki między innymi z powodu wtórnych eksplozji oparów paliwa lotniczego i spowodowanych tym pożarów, dokonano jego modernizacji oraz oddzielono hangary od zbiorników paliwa dodatkowym betonowym pasem.