30 sierpnia 2005 roku jako pierwszy regionalny port lotniczy w Polsce obsłużył 1 milion pasażerów w ciągu roku. Od 26 maja 2006 na trasie Kraków Główny – Kraków Lotnisko kursują autobusy szynowe do tymczasowego przystanku położonego 200 metrów od terminalu pasażerskiego. Przejazd autobusem szynowym z centrum miasta trwa ok. 18 minut. 3 listopada 2006 roku po raz pierwszy obsłużono 2 miliony pasażerów w ciągu roku. 28 lutego 2007 otwarto terminal krajowy o powierzchni 1733 m², mogący obsłużyć 500 tys. osób rocznie. Ciekawostką jest to, że pierwotnie budynek terminala miał być przeznaczony do użytku jako garaż dla pojazdów obsługi lotniska. 17 maja 2007 oddano do użytku nową strażnicę Lotniskowej Straży Pożarnej, zlokalizowaną tuż obok wieży kontroli lotniska – umożliwiło to skrócenie czasu reakcji służb ratowniczo-gaśniczych do 90 sekund. 20 lipca 2007 otwarto nową część terminalu T1 (międzynarodowego). Do dyspozycji pasażerów udostępniono 3000 m² powierzchni, 15 stanowisk rejestracji i 5 stanowisk kontroli. Był to drugi etap przygotowywania lotniska do wymagań układu z Schengen (obowiązującego w Polsce w ruchu powietrznym od 1 marca 2008). 4 września 2007 zmieniono nazwę portu lotniczego z Międzynarodowy Port Lotniczy im. Jana Pawła II Kraków-Balice na Kraków Airport im.