Jana Pawła II. 27 października 2007 port stracił swój dotychczasowy status portu przesiadkowego słowackiej taniej linii lotniczej SkyEurope Airlines i co za tym idzie, 19 połączeń z Krakowa do miast europejskich. 20 grudnia 2007 port obsłużył 3-milionowego pasażera w ciągu roku. 9 stycznia 2008 linie lotnicze Germanwings ogłosiły od 1 kwietnia 2008 przeniesienie swoich lotów (Kolonia/Bonn-Konrad Adenauer, Stuttgart) do Międzynarodowego Portu Lotniczego Katowice-Pyrzowice. Linie Germanwings powróciły do Krakowa 15 czerwca 2009, wykonując połączenia do Stuttgartu. 1 marca 2010 otwarto nowy parking wielopoziomowy położony obok terminalu międzynarodowego, natomiast 17 listopada zakończyła się budowa nowego łącznika między płytą postojową a pasem startowym. W sierpniu 2011 linie lotnicze Ryanair obsłużyły 4-milionowego pasażera z krakowskiego portu lotniczego. 26 października 2011 wojewoda małopolski wydał pozwolenie na rozbudowę terminalu pasażerskiego. Nowy terminal o powierzchni 55 tys. metrów kwadratowych powierzchni użytkowej oraz przepustowości 8 mln pasażerów, został zaprojektowany przez: APA Czech-Duliński-Wróbel Agencja Projektowa Architektura Sp.