Władze portu lotniczego nie zgodziły się jednak na obniżenie opłat lotniskowych, dlatego władze miasta i województwa zdecydowały się wybudować drugi terminal dla tanich linii lotniczych. Pojawiły się jednak trudności związane ze skomplikowaną sytuacją własnościową lotniska oraz brakiem jasności co do tego, kto jest za nie odpowiedzialny. Mimo że nie powstał jeszcze nowy terminal, pojawiły się już pierwsze tanie linie lotnicze, co zmusiło tradycyjnych przewoźników do obniżenia cen na niektórych trasach. W 2004 pojawiły się także nowe połączenia w Europie Środkowej. Lotnisko, po krótkim okresie spadku liczby przewozów, znowu odzyskało dawną dynamikę. Na poważnego konkurenta wyrósł natomiast katowicki port lotniczy w Pyrzowicach, który znacznie lepiej poradził sobie z przyciągnięciem tańszych przewoźników. 13 października 2004 tanie linie lotnicze EasyJet zainaugurowały regularne połączenia z Krakowa. W 2004 pojawiła się propozycja otwarcia połączenia kolejowego między lotniskiem a centrum miasta. W tym celu zaadaptowano tory używane dawniej do transportu cystern z paliwem przez wojskową bazę lotniczą.