Następnie udał się do Nowogrodu Siewierskiego, gdzie spotkał się z Łazarzem Baranowiczem, od 1657 r. biskupem czernihowskim, i pokazał mu swoją pracę Mesjasz prawdziwy, uzyskując jego aprobatę.
W końcu 1668 r. lub na początku r. 1669 Joannicjusz wrócił do Kijowa, dowiedziawszy się, że biskup Metody został pozbawiony urzędu i wywieziony do Moskwy. Szybko jednak opuścił miasto ponownie, widząc, że stanowisko rektora Kolegium Mohylańskiego sprawował już archimandryta Warłaam. Na zaproszenie Łazarza Baranowicza ponownie osiadł w Nowogrodzie Siewierskim. Dzięki protekcji Łazarza w 1669 r. otrzymał godność archimandryty i urząd przełożonego Jeleckiego Monasteru Zaśnięcia Matki Bożej w Czernihowie. W tym samym roku car Aleksy gramotą z dnia 10 sierpnia 1669 r. oficjalnie wybaczył Joannicjuszowi fakt, że ten samowolnie opuścił Kijów i pozostał na Ukrainie Prawobrzeżnej podczas wojny polsko-rosyjskiej.