W listopadzie 1663 r. Joannicjusz na zaproszenie kanclerza wielkiego koronnego Mikołaja Prażmowskiego odbył w Białej Cerkwi dysputę z jezuitą Adrianem Pikarskim, kaznodzieją króla Jana Kazimierza, o prymacie papieża w Kościele.
Przed 1665 r., być może jeszcze w 1662 r. Joannicjusz opuścił Kijów i przestał wykonywać obowiązki rektora Kolegium Mohylańskiego. Najbardziej prawdopodobną przyczyną jego odjazdu był konflikt z biskupem Metodym, który po śmierci metropolity kijowskiego Dionizego został strażnikiem tronu biskupiego. Joannicjusz opowiadał się za tym, by nowym metropolitą kijowskim został Łazarz Baranowicz. W liście do cara Aleksego z lipca 1669 r. skarżył się, że Metody obraził go i prześladował.
Dalsza działalność. Przełożony Jeleckiego Monasteru Zaśnięcia Matki Bożej Przez pewien czas po opuszczeniu Kijowa ihumen przebywał we Lwowie oraz w Skicie Maniawskim. Następnie, jak sam opisał w przedmowie do swojego dzieła, podróżował po Podolu i Wołyniu, był m.in. w Łucku, gromadząc materiały do zaplanowanej pracy o pochodzeniu Ducha Świętego. Jesienią 1667 r. mógł być w Mińsku, zaś do października 1668 r. przebywał w Słucku, gdzie odwiedził namiestnika metropolity kijowskiego w Wielkim Księstwie Litewskim archimandrytę Teodozjusza.