Gatunek objęty jest przez listy Porozumienia regionalnego w sprawie ochrony afrykańsko-euroazjatyckich wędrownych ptaków wodnych (AEWA) oraz Konwencji o międzynarodowym handlu dzikimi zwierzętami i roślinami gatunków zagrożonych wyginięciem (CITES).
Taksonomia Angielski przyrodnik Francis Willughby napisał o bocianie czarnym w XVII wieku po tym, jak zobaczył jednego we Frankfurcie nad Menem, następnie kolejnego w Strasburgu. Nazwał go Ciconia nigra, od łacińskich słów oznaczających kolejno „bociana czarnego”. Szeroko zaakceptowany pogląd na nowoczesną taksonomię zwierząt ustanowiono w 1758, wraz z opublikowaniem 10. edycji Systema Naturae Karola Linneusza; jednak już w ubiegłym stuleciu przyrodnicy podejmowali próby nazywania gatunków. Po raz pierwszy binominalną nazwę bocianowi czarnemu nadał właśnie Linneusz w 1758; nazwał go Ardea nigra. Do nowego rodzaju Ciconia przeniósł go dwa lata później francuski zoolog Mathurin Jacques Brisson.