Jakkolwiek hetmanowi nie podlegały oddziały nadworne, gwardia królewska, siły zbrojne wystawiane przez miasta, powiaty i województwa, oraz prywatne oddziały magnatów, to jednak często dobrowolnie mu się one podporządkowywały podczas wojen.

W końcu XVI wieku funkcja hetmana stała się dożywotnią i została podzielona na dwie osobne o wyodrębnionych kompetencjach: hetmana wielkiego, który w czasie pokoju pozostawał przy dworze, zajmując się ogólną administracją i strzegąc interesów wojska. hetmana polnego, który zazwyczaj przebywał w polu z niewielkimi oddziałami operacyjnymi, strzegąc granic (w szczególności na wschodzie, gdzie były najbardziej zagrożone), a jednocześnie prowadząc doraźne działania zbrojne. Podlegał on hetmanowi wielkiemu.Oba stanowiska istniały niezależnie dla Korony (hetman wielki koronny) i Litwy (hetman wielki litewski).

W swej pracy hetman wspomagany był przez sztab, w którego skład wchodzili: pisarz polny – odpowiedzialny za kancelaria i finanse strażnik – odpowiedzialny za bezpieczeństwo oboźny – organizacja obozów, taborów i transportu szpitalny – służba zdrowia profos – wymiar sprawiedliwości brabanmajster – służba tyłów