W roku 1820 wyjechał z Monachium i podjął wykłady na uniwersytecie w Erlangen, nie odniósł jednak wielkich sukcesów. Po przeniesieniu tam uniwersytetu z Landshut powrócił w roku 1826 do Monachium jako wykładowca filozofii i preceptor następcy tronu bawarskiego, późniejszego króla Maksymiliana II. Na wiele lat właściwa aktywność filozoficzna Schellinga spadła, mimo że pisał wiele – zawarte w Jahrbucher der Medicin als Wissenschaft Aphorismen zur Einleitung in die Naturphilosophie powstały na podstawie wykładów würzburskich. Polemizował z Jacobim, współtworzył znaczące pismo Philosophische Untersuchungen uber das Wesen der menschlichen Freiheit (1809) rozwijające mistyczne tendencje wcześniejszej Philosophie und Religion (1804) i pisma historiozoficzne takie jak Über die Gottheiten zu Samothrace czy nieukończone Die Weltalter (1811–15). W pismach tych widać opozycję do negatywnej i spekulatywnej historiozofii Hegla – Schelling traktuje bowiem mitologię i religię jako pozytywne dopełnienia filozofii negatywnej i spekulatywnej.